@mastersthesis {26449,
	title = {An{\'a}lises gen{\^o}micas para a otimiza{\c c}{\~a}o da produ{\c c}{\~a}o de compostos aromatizantes por estirpe de S. cerevisiae isolada da produ{\c c}{\~a}o de cacha{\c c}a},
	year = {2018},
	type = {Tese de Doutorado},
	abstract = {A qualidade das bebidas alco{\'o}licas est{\'a} intimamente relacionada {\`a} presen{\c c}a de concentra{\c c}{\~o}es equilibradas de compostos vol{\'a}teis, subprodutos do processo de fermenta{\c c}{\~a}o alco{\'o}lica e altamente influenciados pela linhagem da levedura utilizada de tal modo que a compreens{\~a}o das bases moleculares da produ{\c c}{\~a}o de compostos desej{\'a}veis represente a possibilidade do incremento da qualidade de bebidas fermentadas visando a agrega{\c c}{\~a}o de valor ao produto final. O presente trabalho tem como objetivo realizar uma an{\'a}lise de caracter{\'\i}sticas gen{\'e}ticas e fisiol{\'o}gicas das leveduras isoladas da produ{\c c}{\~a}o de cacha{\c c}a com potencial para aplica{\c c}{\~a}o na produ{\c c}{\~a}o de outras bebidas alco{\'o}licas. Desse modo, 118 linhagens da cole{\c c}{\~a}o LBCM foram avaliadas quanto a capacidade de metaboliza{\c c}{\~a}o de maltose, produ{\c c}{\~a}o de baixas concentra{\c c}{\~o}es de sulfeto de hidrog{\^e}nio, capacidade de transporte de maltotriose e capacidade de produ{\c c}{\~a}o de compostos vol{\'a}teis. A despeito de sua origem comum, as leveduras avaliadas apresentaram diferen{\c c}as significativas em sua fisiologia. Algumas dessas leveduras apresentam potencial biol{\'o}gico para aplica{\c c}{\~a}o na produ{\c c}{\~a}o de outras bebidas, como, por exemplo, cerveja. A linhagem LBCM1073 foi selecionada dentre as demais por ser heterot{\'a}lica e pela sua capacidade de produ{\c c}{\~a}o de acetato de isoamila, um {\'e}ster altamente desej{\'a}vel em diversas bebidas alco{\'o}licas. Ap{\'o}s sequenciamento gen{\^o}mico dessa levedura, com cobertura de 263 vezes e a predi{\c c}{\~a}o de 5686 genes, an{\'a}lises de gen{\^o}mica comparativa revelaram que a linhagem LBCM1073 apresenta um conjunto de 24 genes ausentes na linhagem laboratorial S. cerevisiae S288c. Alguns desses genes apresentam similaridade com S. bayanus e Lachancea sp. Um total de 64,15\% dos genes da linhagem LBCM1073 apresenta ort{\'o}logos com genes de 40 ascomicetos avaliados. Dentre as vias j{\'a} mencionadas na literatura como relacionadas {\`a} produ{\c c}{\~a}o de compostos vol{\'a}teis, a via de sinaliza{\c c}{\~a}o mTOR e a glic{\'o}lise, s{\~a}o as que apresentaram maior percentual de genes ort{\'o}logos, justificado pela ampla distribui{\c c}{\~a}o dessas duas vias dentre os organismos utilizados para an{\'a}lise. Ao serem comparadas as sequ{\^e}ncias de amino{\'a}cidos de 34 enzimas,relacionadas {\`a} produ{\c c}{\~a}o de compostos respons{\'a}veis por aromas, 13 foram id{\^e}nticas entre LBCM1073 e S. cerevisiae S288c. Para as demais, as prote{\'\i}nas codificadas por LEU4, PMA1, RSP5, TOR1 e FAS2 n{\~a}o apresentaram as substitui{\c c}{\~o}es descritas na literatura como relacionadas {\`a} maior produ{\c c}{\~a}o de compostos on flavour. Em conjunto, esses dados mostram que LBCM1073 e S. cerevisiae S288c apresentam diversas distin{\c c}{\~o}es a n{\'\i}vel gen{\^o}mico. Uma metodologia capaz de contribuir para melhor elucidar essas diferen{\c c}as em rela{\c c}{\~a}o {\`a} produ{\c c}{\~a}o de compostos secund{\'a}rios {\`a} fermenta{\c c}{\~a}o {\'e} a t{\'e}cnica de BSA (Bulked Segregants Analisys) ou an{\'a}lise de agrupamentos de segregantes. As an{\'a}lises fenot{\'\i}picas de segregantes obtidos do cruzamento entre LBCM1073 e S. cerevisiae S288c revelou uma discreta rela{\c c}{\~a}o direta entre a capacidade de convers{\~a}o de {\'a}lcool isoam{\'\i}lico em acetato de isoamila e o crescimento na presen{\c c}a de TFL 0,5 mM. Al{\'e}m disso, os segregantes j{\'a} obtidos e avaliados poder{\~a}o ser empregados na an{\'a}lise de QTLs envolvidos na produ{\c c}{\~a}o de acetato de isoamila.},
	url = {	http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/10303},
	author = {Thalita Macedo Ara{\'u}jo}
}
@mastersthesis {26448,
	title = {An{\'a}lise polig{\^e}nica da toler{\^a}ncia ao alum{\'\i}nio em c{\'e}lulas de Saccharomyces cerevisiae},
	year = {2018},
	type = {Tese de Doutorado},
	abstract = {O bioetanol {\'e} um produto de grande import{\^a}ncia econ{\^o}mica, principalmente devido a sua utiliza{\c c}{\~a}o como combust{\'\i}vel renov{\'a}vel. A levedura Saccharomyces cerevisiae utiliza a sacarose obtida da cana-de-a{\c c}{\'u}car para produzir bioetanol por fermenta{\c c}{\~a}o. Alguns fatores diminuem a capacidade fermentativa dessa levedura, por exemplo, a presen{\c c}a de Al3+ no caldo de cana-de-a{\c c}{\'u}car, levando a um aumento do tempo de fermenta{\c c}{\~a}o e menor produ{\c c}{\~a}o de bioetanol. Este trabalho teve como objetivo realizar a an{\'a}lise polig{\^e}nica da toler{\^a}ncia ao alum{\'\i}nio em Saccharomyces cerevisiae utilizando a t{\'e}cnica de mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Locus). Uma triagem entre 840 estirpes de leveduras isoladas de diferentes ambientes foi feita a fim de selecionar uma altamente tolerante ao alum{\'\i}nio. Dentre as estirpes testadas, a levedura denominada Bruggeman Fresh apresentou crescimento e melhor desempenho fermentativo em presen{\c c}a de 5 mM de Al2(SO4)3. A estirpe PE-2, amplamente utilizada na produ{\c c}{\~a}o de etanol pela ind{\'u}stria brasileira, apresentou uma maior sensibilidade ao alum{\'\i}nio. Estas duas leveduras, Bruggeman Fresh e PE-2, foram escolhidas para a estrat{\'e}gia de an{\'a}lise polig{\^e}nica para o fen{\'o}tipo de resist{\^e}ncia ao alum{\'\i}nio adotada neste estudo. Ap{\'o}s esporula{\c c}{\~a}o e disseca{\c c}{\~a}o das t{\'e}trades, os parentais superior e inferior foram selecionados e cruzados dando origem ao h{\'\i}brido diploide. Foi realizado um pr{\'e}-teste em meio s{\'o}lido contendo alum{\'\i}nio com 658 segregantes obtidos a partir desse h{\'\i}brido diploide, sendo que 150 segregantes foram selecionados e submetidos ao teste fermentativo. A partir do teste da performance fermentativa em presen{\c c}a de Al2(SO4)3, 30 segregantes foram selecionados como fen{\'o}tipo superior (alta toler{\^a}ncia ao alum{\'\i}nio). Foi realizada a extra{\c c}{\~a}o do DNA gen{\^o}mico desses 30 segregantes agrupados e 120 segregantes n{\~a}o selecionados (agrupados randomicamente), assim como das estirpes parentais superior e inferior e sequenciadas. A partir das an{\'a}lises das sequ{\^e}ncias e mapeamento de QTL foi encontrada uma regi{\~a}o no cromossomo VI com grande liga{\c c}{\~a}o ao fen{\'o}tipo de interesse, observado devido {\`a} diferen{\c c}a na frequ{\^e}ncia dos SNPs entre os grupos selecionado e n{\~a}o selecionado. Ap{\'o}s a an{\'a}lise de reciprocidade hemizig{\'o}tica, foi identificado que o gene FAB1 tem um importante papel sobre a toler{\^a}ncia ao alum{\'\i}nio em S. cerevisiae.},
	url = {https://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/11617},
	author = {Hygor Mezadri}
}
@mastersthesis {26466,
	title = {A prote{\'\i}na Lpx1 como elo entre a sinaliza{\c c}{\~a}o de c{\'a}lcio intracelular e a ativa{\c c}{\~a}o de H+-ATPase de membrana citoplasm{\'a}tica, induzidas por glicose, em Saccharomyces cerevisiae.},
	year = {2018},
	type = {Tese de doutorado},
	abstract = {Em leveduras, como em outros eucariotos, o c{\'a}lcio desempenha um papel essencial nas vias de sinaliza{\c c}{\~a}o celular. No entanto, at{\'e} agora, a influ{\^e}ncia do c{\'a}lcio na ativa{\c c}{\~a}o de H+-ATPase de membrana citoplasm{\'a}tica induzida por glicose, uma via essencial para a fisiologia de leveduras, n{\~a}o foi demonstrada apesar de muitas evid{\^e}ncias sugerirem que o c{\'a}lcio {\'e} um fator primordial envolvido na ativa{\c c}{\~a}o de H+-ATPase. H+-ATPase {\'e} uma prote{\'\i}na de membrana citoplasm{\'a}tica essencial para criar um gradiente de H+, utilizado para o transporte de nutrientes e homeostase do pH. A ativa{\c c}{\~a}o de H+-ATPase {\'e} regulada pela atividade de diferentes prote{\'\i}nas como proteases, quinases e canais i{\^o}nicos. Neste trabalho, foi demonstrada a rela{\c c}{\~a}o entre a atividade de Lpx1p, uma serino-protease essencial para a ativa{\c c}{\~a}o induzida por glicose de H+-ATPase de membrana citoplasm{\'a}tica, e o c{\'a}lcio. Mutantes lpx1Δ exibiram um sinal de c{\'a}lcio intracelular que n{\~a}o foi afetado enquanto a atividade de bombeamento de pr{\'o}tons foi reduzida, indicando sua essencialidade na ativa{\c c}{\~a}o de H+-ATPase. Al{\'e}m disso, o aumento da atividade de bombeamento de pr{\'o}tons foi observado quando Lpx1p foi expresso em c{\'e}lulas lpx1Δ por meio de um vetor de express{\~a}o induz{\'\i}vel. Em testes in vitro, a atividade proteol{\'\i}tica de Lpx1p aumentou na presen{\c c}a de c{\'a}lcio. Dos ensaios in vitro, estabelecidos neste trabalho, foi demonstrado que Lpx1p, Ptk2p e c{\'a}lcio s{\~a}o elementos-chave para a ativa{\c c}{\~a}o de H+- ATPase. Esses resultados fortalecem um modelo em que a ativa{\c c}{\~a}o p{\'o}s-traducional de H+-ATPase induzida pela glicose e a sinaliza{\c c}{\~a}o de c{\'a}lcio intracelular, est{\~a}o realmente conectadas. Lpx1p seria este elo, aparentemente, dependendo da presen{\c c}a de c{\'a}lcio para ser ativada e hidrolisar tubulinas acetiladas ligadas {\`a} H+-ATPase, permitindo a libera{\c c}{\~a}o da cauda C-terminal para fosforila{\c c}{\~a}o e ativa{\c c}{\~a}o.},
	url = {https://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/9970},
	author = {Diogo Dias Castanheira}
}
@article {26690,
	title = {Cacha{\c c}a yeast strains: alternative starters to produce beer and bioethanol},
	journal = {ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY},
	volume = {111},
	year = {2018},
	pages = {pages1749{\textendash}1766},
	abstract = {This work was performed to verify the potential of yeast strains isolated from\&nbsp;cacha{\c c}a\&nbsp;distilleries for two specific biotechnological applications: beer and bioethanol production. In the beer production, the strains were tested for characteristics required in brewery practices, such as: capacity to ferment maltose and maltotriose, ability to grow at lowest temperatures, low H2S production, and flocculation profile. Among the strains tested, two of them showed appropriate characteristics to produce two different beer styles: lager and ale. Moreover, both strains were tested for\&nbsp;cacha{\c c}a\&nbsp;production and the results confirmed the capacity of these strains to improve the quality of\&nbsp;cacha{\c c}a. In the bioethanol production, the fermentation process was performed similarly to that used by bioethanol industries: recycling of yeast biomass in the fermentative process with sulfuric acid washings (pH 2.0). The production of ethanol, glycerol, organic acids, dry cell weight, carbohydrate consumption, and cellular viability were analyzed. One strain presented fermentative parameters similar to PE2, industrial/commercial strain, with equivalent ethanol yields and cellular viability during all fermentative cycles. This work demonstrates that\&nbsp;cacha{\c c}a\&nbsp;distilleries seem to be an interesting environment to select new yeast strains to be used in biotechnology applications as beer and bioethanol production.},
	url = {https://link.springer.com/article/10.1007/s10482-018-1063-3},
	author = {Thalita Macedo Ara{\'u}jo and Magalh{\~a}es Teixeira Souza and Raphael Hermano Santos Diniz and Celina Kiyomi Yamakawa and Lauren Bergmann Soares and Jaciane Lutz Lenczak and Juliana Velasco de Castro Oliveira and Gustavo Henrique Goldman and Edilene Alves Barbosa and Anna Clara Silva Campos and Ieso Miranda Castro and Rog{\'e}lio Lopes Brand{\~a}o}
}
@article {26704,
	title = {Evidence for a Role of ACTN3 R577X Polymorphism in Football Player\&$\#$39;s Career Progression},
	journal = { INTERNATIONAL JOURNAL OF SPORTS MEDICINE},
	volume = {39},
	number = {14},
	year = {2018},
	pages = {1088-1093},
	abstract = {
	The aim was to investigate a possible role of the ACTN3 R577X polymorphism in a Brazilian football player{\textquoteright}s career progression. 2 questions were formulated: 1. Does ACTN3 polymorphism affect the probability of an individual being a professional football player? 2. Does this polymorphism affect the progression of the athlete throughout his career? The study included 353 players from first division Brazilian football clubs in the following categories: under-14 (U-14), U-15, U-17, U-20, and professional (PRO). The control group (CON) was composed of 100 healthy non-athletes. The chi-squared test was used to assess differences between the allele and genotype frequencies. Comparing football categories, the XX genotype was less frequent among professional players than in the U-20 (p\&lt;0.05) or the U-15 category (p\&lt;0.05). The RX genotype also presented more frequently in the PRO category than the U-14 category (p\&lt;0.05). Moreover, a trend towards a higher frequency of the RX genotype and a lower frequency of the XX genotype was observed in the professional category compared to U-20. These results suggest that the genotype in the ACTN3 polymorphism affects the probability of a football player progressing throughout his career and becoming professional, meaning that playing football selects against the ACTN3 XX genotype.

},
	url = {https://www.thieme-connect.de/products/ejournals/abstract/10.1055/a-0753-4973},
	author = {Daniel Barbosa Coelho and Eduardo Mendon{\c c}a Pimenta and Izinara Cruz Rosse and Bruno Magalh{\~a}es de Castro and Lenice Kappes Becker and Emerson Cruz de Oliveira and Maria Raquel Santos Carvalho and Emerson Silami Garcia}
}
@article {26702,
	title = {High-Throughput Sequencing Strategy for Microsatellite Genotyping Using Neotropical Fish as a Model},
	journal = {Frontiers in Genetics},
	year = {2018},
	abstract = {
	Genetic diversity and population studies are essential for conservation and wildlife management programs. However, monitoring requires the analysis of multiple\&nbsp;loci\&nbsp;from many samples. These processes can be laborious and expensive. The choice of microsatellites and PCR calibration for genotyping are particularly daunting. Here we optimized a low-cost genotyping method using multiple microsatellite\&nbsp;loci\&nbsp;for simultaneous genotyping of up to 384 samples using next-generation sequencing (NGS). We designed primers with adapters to the combinatorial barcoding amplicon library and sequenced samples by MiSeq. Next, we adapted a bioinformatics pipeline for genotyping microsatellites based on read-length and sequence content. Using primer pairs for eight microsatellite\&nbsp;loci\&nbsp;from the fish\&nbsp;Prochilodus costatus, we amplified, sequenced, and analyzed the DNA of 96, 288, or 384 individuals for allele detection. The most cost-effective methodology was a pseudo-multiplex reaction using a low-throughput kit of 1 M reads (Nano) for 384 DNA samples. We observed an average of 325 reads per individual per\&nbsp;locus\&nbsp;when genotyping eight\&nbsp;loci. Assuming a minimum requirement of 10 reads per\&nbsp;loci, two to four times more\&nbsp;loci\&nbsp;could be tested in each run, depending on the quality of the PCR reaction of each\&nbsp;locus. In conclusion, we present a novel method for microsatellite genotyping using Illumina combinatorial barcoding that dispenses exhaustive PCR calibrations, since non-specific amplicons can be eliminated by bioinformatics analyses. This methodology rapidly provides genotyping data and is therefore a promising development for large-scale conservation-genetics studies.

},
	url = {https://doi.org/10.3389/fgene.2018.00073},
	author = {Juliana S. M. Pimentel and Anderson O. Carmo and Izinara C. Rosse and Ana P. V. Martins and Sandra Ludwig and et. al.}
}
@article {26705,
	title = {Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm},
	journal = {Molecular Ecology Resources},
	volume = {18},
	year = {2018},
	pages = {435},
	abstract = {
	Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzer{\'a} (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on\&nbsp;PLINK\&nbsp;kinship coefficient (φij) and VanRaden{\textquoteright}s φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy,\&nbsp;Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network\&nbsp;G matrix\&nbsp;was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the\&nbsp;MDS\&nbsp;plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden{\textquoteright}s φij\&nbsp;as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample.

},
	url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.12746},
	author = {Pablo A. S. Fonseca and Thiago P. Leal and Fernanda C. Santos and Mateus H. Gouveia and Samir Id-Lahoucine and Izinara C. Rosse and et. al}
}
@article {26691,
	title = {Sugar transport systems in Kluyveromyces marxianus CCT 7735},
	journal = {ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY},
	volume = {112},
	year = {2018},
	pages = {211{\textendash}223},
	abstract = {The pattern of glucose repression in most\&nbsp;Kluyveromyces marxianus\&nbsp;strains does not correlate with fermentative behaviour; however, glucose repression and fermentative metabolism appear to be linked to the kinetics of sugar uptake. In this work, we show that lactose transport in\&nbsp;K. marxianus\&nbsp;CCT 7735 by lactose-grown cells is mediated by a low-affinity H+-sugar symporter. This system is glucose repressed and able to transport galactose with low affinity. We also observed the activity of a distinct lactose transporter in response to raffinose. Regarding glucose uptake, specificities of at least three low-affinity systems rely on the carbon source available in a given growth medium. Interestingly, it was observed only one high-affinity system is able to transport both glucose and galactose. We also showed that\&nbsp;K. marxianus\&nbsp;CCT 7735 regulates the expression of sugar transport systems in response to glucose availability.},
	url = {https://link.springer.com/article/10.1007/s10482-018-1143-4},
	author = {Fernando Augusto da Silveira and Raphael Hermano S. Diniz and Geraldo M. S. Sampaio and Rog{\'e}lio Lopes Brand{\~a}o and Wendel B. da Silveira and Ieso Miranda Castro}
}
